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在农药登记领域，计算毒理主要用于原药等同性评估（Technical Equivalence），也即TE评估。TE评估主要是确定不同来源的原药在化学组成上的相似性。如果新来源的原药与参照原药的危害性等同或更安全，则可以认为新来源的原药与参照原药等同。
TE评估通常分阶段进行，第一阶段为产品化学资料认定，主要包括原药的生产工艺、产品化学、原药以及杂质的质量分析。若出现新的杂质或杂质含量增加等情况，则第一阶段认定不等同，需要进入第二阶段，即毒理与生态环境资料认定。农药原药在生产过程中会出现杂质，若根据杂质的含量和类型等无法判定是否为毒理学相关杂质时，需要进行毒理学资料和环境毒理资料的认定。杂质往往都是新物质，毒理相关数据较少，无法确定毒性风险。另外，这些杂质还往往含量较低且不易于获取，从而难以开展测试。在农药杂质的毒理认定中，欧盟、墨西哥、巴西等很多国家和地区都建议采用QSAR预测的方式获取数据进行杂质毒性评估。
各个国家地区农药登记中对QSAR报告的要求
1)欧盟农药TE评估杂质毒性QSAR报告
新杂质和含量增加的杂质毒性QSAR评估
基于警示结构的分析和定量计算
关注健康毒理全方面毒性
部分需要关注生态毒性
2)墨西哥农药登记杂质毒性QSAR报告
新杂质和含量增加的杂质毒性QSAR评估
杂质相关性分析和判断
关注急性毒性
3)巴西农药登记杂质毒性QSAR报告
新杂质和含量增加的杂质毒性QSAR评估
包含expert rule-based model和statistical-based model的多个模型
需要相似物和专家声明
关注全方面毒性风险
4)澳大利亚农药登记杂质毒性QSAR报告
新杂质和含量增加的杂质毒性QSAR评估
包含expert rule-based model和statistical-based model两种模型
关注致突变性和致癌性毒性
5)俄罗斯农药登记杂质毒性QSAR报告
新杂质和含量增加的杂质毒性QSAR评估
关注杂质的致突变性
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