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分子模拟一般是指基于计算机对分子的性质和反应进行模拟计算的技术。分子模拟的结果可以解释实验现象、揭示微观过程机理,也可以辅助实验设计、预测分子的性质。随着计算化学理论的逐步完善及高性能计算的快速发展,分子模拟在环境计算化学和计算毒理学领域将发挥越来越重要的作用。
化学物质的模拟可以落在微观尺度、介观尺度和宏观尺度,分子模拟方法主要在微观尺度。常见的三种分子模拟方法包括量子力学(QM)方法、分子力学(MM)方法以及二者的耦合(QM/MM)方法。