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1.针对环境的生物多样性调查的eDNA,方法是检测环境样品中尽可能多的DNA序列,与数据库比对分析它们所属的物种分类信息,最终鉴定在这个环境中生活的所有物种。
2.针对特定生物调查的eDNA,目标是寻找在环境样本中是否有单一物种的DNA存在,通常用于研究和追踪珍稀物种在自然界的分布。它并不在意环境中属于其它物种的DNA,因此在样品处理上通常使用更精确的定量PCR技术,目标是找到极其少量的目标物种的DNA。